PRZEMYSŁAW JAGODZIK

O MNIE

Nazywam się Przemysław Jagodzik i od maja br. pracuję na stanowisku Adiunkta - stażysty podoktorskiego (Post-doc) w Zakładzie Genetyki Molekularnej i Klinicznej w Instytucie Genetyki Człowieka Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Głównym obszarem moich obecnych badań jest ciliopatia - grupa chorób genetycznych człowieka spowodowanych defektami w funkcjoonwaniu rzęsek. W ramach swoich badań zajmuję się poszukiwaniem potencjalnych partnerów białkowych białka OFD1 niezbędnego do biogenezy rzęsek, którego mutacje prowadzą do rozwoju różnego rodzaju ciliopatii. Główne techniki jakimi się w tym celu posługuję to metoda CRISPR/Cas, immunoprecypitacja białek oraz technika Western blot.

Posiadam spore doświadczenie w zakresie szeroko rozumianej proteomiki, które zacząłem zdobywać już od 2009 roku, kiedy to w ramach swojej pracy magisterskiej poszukiwałem potencjalnych partnerów białkowych kinazy MAPKKK18 (Arabidopsis thaliana), stanowiących elementy kaskady sygnałowej z jej udziałem. W 2013 roku podjąłem studia doktoranckie na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, a przedmiotem moich badań była aktywność opiekuńcza chloroplastowego białka AtDeg2. Pracę doktorską obroniłem 16 września 2019 r w zakresie biotechnologii. Przez okres wykonywania badań – w związku z przygotowywaniem rozprawy doktorskiej – nauczyłem się pracy zarówno samodzielnej, jak i w zespole, a przede wszystkim opanowałem wiele technik biologii molekularnej (jak np. technika Western blot czy elektroforeza diagonalna białek). Byłem pionierem we wdrażaniu wielu technik inżynierii genetycznej w swoim Zakładzie takich jak: klonowanie DNA, nadekspresja i oczyszczanie białek rekombinowanych, transformacja roślin czy transfekcja protoplastów. Ponadto poznałem podstawy bioinformatyki i statystyki. Efektem mojej pracy doktorskiej jest 5 artykułów opublikowanych w czasopismach z tzw. listy filadelfijskiej oraz szereg komunikatów zaprezentowanych na krajowych i międzynarodowych konferencjach.

W ostatnich latach studiów doktoranckich podjąłem pracę na pełny etat w Uczelnianym Centrum Aparaturowym Uniwersytetu Medycznego im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu na stanowisku samodzielnego referenta naukowo-technicznego. Przez ten krótki okres (trzy miesiące) poznałem podstawy prowadzenia linii komórkowych, analiz z użyciem mikroskopu fluorescencyjnego oraz testu ELISA. Następnie podjąłem pracę w Instytucie BioInfoBank Sp. z o.o. w Poznaniu na stanowisku pracownika naukowo-technicznego, gdzie uczestniczyłem w realizacji projektu zmierzającego do uzyskania innowacyjnych farmaceutyków przeciwnowotworowych charakteryzujących się wysoką efektywnością i selektywnością, minimalizując w ten sposób efekty uboczne leczenia oraz w projekcie finansowanym z Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój zmierzającym do uzyskania wysokowydajnego i uniwersalnego systemu do wytrawiania DNA z prób biologicznych (POIR.01.01.01-00-0975/16). Podczas realizacji obu projektów poznałem wiele nowych podejść związanych z klonowaniem, nadekspresją, oczyszczaniem i analizą biochemiczną białek rekombinowanych.

Po obronie pracy doktorskiej rozpocząłem pracę na stanowisku Adiunkta - stażysty podoktorskiego (Post-doc) w Zakładzie Ekofizjologii Roślin Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Głównym obszarem moich badań była analiza roli tlenku azotu w relacji patogen-roślina na przykładzie zarazy ziemniaka powodowanej przez Phytoftora infestans (Mont.) de Bary. W ramach swoich badań zajmowałem się analizą potranslacyjnych modyfikacji białek takich jak acetylacja czy metylacja histonów oraz nitrowanie białek, a główne techniki jakimi się w tym celu posługiwałem to technika Western blot oraz immunoprecypitacja białek.

Podsumowując, moje doświadczenie w zakresie proteomiki jest bardzo szerokie i obejmuje obszar zarówno oddziaływań międzybiałkowych, aktywności enzymatycznej jak i modyfikacji potranslacyjnych białek. W ramach realizowanych badań zarówno w trakcie przygotowywania rozprawy doktorskiej jak i pracy zawodowej nabyłem następujące umiejętności oraz doświadczenie zawodowe w zakresie:
• techniki CRISPR/Cas
• immunoprecypitacji białek (IP)
• diagonalnej ektroforezy białek w żelu poliakrylamidowym w warunkach denaturujących (D2D SDS-PAGE)
• techniki Western Blot (WB)
• techniki ELISA
• techniki PCR
• obsługi podstawowych narzędzi bioinformatycznych i statystycznych (BLAST, ClustalW, MEGA, Jmol, Polyview, Origin)
• hodowli i transformacji genetycznej bakterii Esherichia coli i Agrobacterium thumefaciens, drożdży Saccharomyces cerevisiae oraz roślin Arabidopsis thaliana
• hodowli zarazy ziemniaka Phytoftora infestans
• klonowania DNA (z użyciem systemu Gateway oraz enzymów restrykcyjnych)
• mutagenezy ukierunkowanej
• nadekspresji białek rekombinowanych w systemie prokariotycznym
• ekstrakcji i oczyszczania białek rekombinowanych z hodowli komórek bakteryjnych
• szybkosprawnej chromatografii cieczowej (FPLC na ÄKTAprime plus) i chromatografii kolumnowej klasycznej (z użyciem złóż do chromatografii jonowymiennej, powinowactwa, SEC, HIC)
• izolacji i transfekcji protoplastów z komórek mezofilu liścia A. thaliana
• izolacji DNA/RNA
• transkrypcji in vitro
• prowadzenia hodowli komórkowych
• analiz biochemicznych
• analizy oddziaływań typu bialko-białko z użyciem drożdżowego systemu dwuhybrydowego (Y2H)

WYKAZ ARTYKUŁÓW NAUKOWYCH

2023:
• Arasimowicz-Jelonek M., Floryszak-Wieczorek J., Suarez S., Doctorovich F., Sobieszczuk-Nowicka E., Bruce King S., Milczarek G., Rębiś T., Gajewska J., Jagodzik P., Żywicki M.
  Discovery of endogenous nitroxyl as a new redox player in Arabidopsis thaliana.
  Nat Plants. 2023 Jan;9(1):36-44. https://doi.org/10.1038/s41477-022-01301-z. Impact Factor (IF) 2022-2023: 15.793; cytowania: 0
  23.12.2022 (online)
2022:
• Drozda A., Kurpisz B., Guan Y., Arasimowicz-Jelonek M., Plich J.,Jagodzik P., Kuźnicki D., Floryszak-Wieczorek J.
  Insights into the expression of DNA (de)methylation genes responsive to nitric oxide signaling in potato resistance to late blight disease.
  Front Plant Sci. 2022 Dec 2;13:1033699 https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1033699. Impact Factor (IF) 2021: 6,627; cytowania: 0
  02.12.2022
• Arasimowicz-Jelonek M., Jagodzik P., Płóciennik A., Sobieszczuk-Nowicka E., Floryszak-Wieczorek J., Mattoo A., Polcyn W.
  Dynamics of nitration phenomenon during dark-induced leaf senescence in Arabidopsis reveals proteins modified by tryptophan nitration
  J Exp Bot. 2022, erac341 https://doi.org/10.1093/jxb/erac341; Impact Factor (IF) 2021: 7.298; cytowania: 1
  19 sierpnia 2022.
• Drozda A., Kurpisz B., Arasimowicz-Jelonek M., Kuźnicki D., Jagodzik P., Guan Y., Floryszak-Wieczorek J.
  Nitric Oxide Implication in Potato Immunity to Phytophthora infestans via Modifications of Histone H3/H4 Methylation Patterns on Defense Genes
  Int. J. Mol. Sci. 2022;23, 4051 https://doi.org/10.3390/ijms23074051; Impact Factor (IF)2021: 6.208; cytowania: 2
  6 kwietnia 2022.
• Jagodzik P., Jackowski G.
  Chloroplast protease/chaperone AtDeg2 holds γ₁ subunit of ATP synthase in an unaggregated state under high irradiance conditions in Arabidopsis thaliana
  Photosynthetica 2022;60 (2): 56-62 https://doi.org/10.32615/ps.2022.004.; Impact Factor (IF) 2021: 3.189; cytowania: 0
  15 lutego 2022
2018:
• Jagodzik P., Tajdel-Zielinska M., Ciesla A., Marczak M., Ludwikow A.
  Mitogen-Activated Protein Kinase Cascades in Plant Hormone Signaling
  Front. Plant Sci. 2018;9:1387 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.01387. Impact Factor (IF) 2021: 6.31; cytowania: 161
  5 października 2018
• Adamiec A.*, Jagodzik P.*, Wyka T. P., Ludwików A., Mituła F., Misztal L., Luciński R., Jackowski G.
  Chloroplast protease/chaperone AtDeg2 influences cotyledons opening and reproductive development in Arabidopsis
  Acta Soc Bot Pol. 2018;87(2):3584. https://doi.org/10.5586/asbp.3584
  *Obaj autorzy w równym stopniu przyczynili się do powstania pracy. Impact Factor (IF) 2021: 1.19; cytowania: 1
  29 czerwca 2018
• Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G.
  The contribution of individual domains of chloroplast protein AtDeg2 to its chaperone and proteolytic activities
  Acta Soc Bot Pol. 2018;87(1):3570 https://doi.org/10.5586/asbp.3570. Impact Factor (IF) 2021: 1.19; cytowania: 3
  23 lutego 2018
2016:
• Jagodzik P., Adamiec M., Jackowski G.
  AtDeg2 - a chloroplast protein with dual protease/chaperone activity
  Acta Soc Bot Pol 83(3):169–174. http://dx.doi.org/10.5586/asbp.2014.018. Impact Factor (IF) 2021: 1.19; cytowania: 1
  9 lipca 2014

WYKAZ MATERIAŁÓW KONFERENCYJNYCH

2022:
• Gajewska J., Jagodzik P., Kosmala A., Floryszak-Wieczorek J., Arasimowicz-Jelonek M.
  Tlenek azotu kontroluje ekspresję genów u Phytophthora infestans za pośrednictwem deacetylaz histonowych
  Ogólnopolska Konferencja Naukowa z okazji 10-lecia Polskiego Towarzystwa Mykologicznego
  Polska, Poznań. 24-28 września 2022, wystąpienie ustne
• Jagodzik P., Płóciennik A., Sobieszczuk-Nowicka E., Floryszak-Wieczorek J., Arasimowicz-Jelonek M.
  Identification of nitrotryptophan-containing proteins in Arabidopsis WT leaves undergoing dark-induced senescence
  Redox Biology Congress 2022. Free Radical Biology and Medicine 189:47
  https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2022.06.197
  Belgia, Gandawa. 23-26 sierpnia 2022
• Arasimowicz-Jelonek M., Sobieszczuk-Nowicka E.,Jagodzik P., Płóciennik A., Floryszak-Wieczorek J.
  Dynamics of nitration phenomenon during dark-induced leaf senescence of Arabidopsis WT plants
  Redox Biology Congress 2022. Free Radical Biology and Medicine 189:47
  https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2022.06.198
  Belgia, Gandawa. 23-26 sierpnia 2022
• Arasimowicz-Jelonek M., Gajewska J., Rajek M.,Jagodzik P., Floryszak-Wieczorek J.
  Pipecolic and azelaic acids confer systemic immunity of potato to Phytophthora infestans by transient nitric oxide generation and histone H3 acetylation
  EPI-CATCH Conference 2022:EPIgenetic mechanisms of Crop Adaptation To Climate cHange
  Grecja, Kreta. 12-14 lipca 2022
2021:
• Jagodzik P., Płóciennik A., Sobieszczuk-Nowicka E., Floryszak-Wieczorek J., Arasimowicz-Jelonek M.
  Protein nitrotryptophan formation as a novel NO-dependent modification during dark-induced leaf senescence in Arabidopsis
  Proceedings of the International Scientific Conference, dedicated to the 75th anniversary of the Institute of Plant Physiology and Genetics of the National Academy of Sciences of Ukraine
  Kijów, Ukraina. 17 czerwca 2021
2019:
• Jackowski G., Luciński R., Wyka T., Jagodzik P.
  Czy chloroplastowe białko opiekuńcze AtDeg2 uczestniczy w regulacji ultrastruktury chloroplastu i aktywności fotosyntetycznej liści Arabidopsis thaliana?
  58. Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego „Botanika bez granic”
  Kraków, Polska, 1-7 lipca 2019
2018:
• Jagodzik P., Mituła F., Ludwików A., Jackowski G.
  Chloroplast protease/chaperone AtDeg2 holds γ-subunit of ATP synthase in unaggregated state under high irradiance conditions in Arabidopsis thaliana
  4th Plant Protease and Programmed Cell Death Symposium
  Gandawa, Belgia, 11-13 września 2018
• Jagodzik P., Mituła F., Ludwików A., Jackowski G.
  Identyfikacja fizjologicznego substratu holdazowej aktywności opiekuńczej chloroplastowej proteazy AtDeg2
  Konferencja Naukowa Sekcji Fizjologii i Biochemii Roślin PTB oraz Oddziału Lubelskiego PTB "Fotosynteza w świetle badań fizjologicznych i biochemicznych"
  Lublin, Polska, 2 lipca 2018, wystąpienie ustne
• Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G.
  Chloroplastowa proteaza AtDeg2 posiada aktywność dezagregazy
  VI Warsztaty Naukowe Instytutu Biologii Ekspreymentalnej Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
  Poznań, Polska, 15 czerwca 2018
• Adamiec A., Jagodzik P., Wyka T. P., Ludwików A., Mituła F., Misztal L., Luciński R., Jackowski G.
  Chloroplastowe białko AtDeg2 uczestniczy w regulacji otwierania się liścieni oraz przebiegu fazy generatywnej u Arabidopsis.
  VI Warsztaty Naukowe Instytutu Biologii Ekspreymentalnej Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
  Poznań, Polska, 15 czerwca 2018
2017:
• Jagodzik P., Mituła F., Luciński R., Misztal L., Ludwików A., Jackowski G.
  The search for native protein substrates for chaperone actvity of chloroplast protein AtDeg2
  8th Conference of the Polish Society of Experimental Plant Biology "Communication in plants: from cell to environment"
  Białystok, Polska, 12-15 września 2017
• Adamiec M., Jagodzik P., Mituła F., Luciński R., Misztal L., Ludwików A., Jackowski G.
  The involvement of chloroplast protein AtDeg2 in chronological progression of ontogenesis stages in Arabidopsis thaliana
  8th Conference of the Polish Society of Experimental Plant Biology "Communication in plants: from cell to environment"
  Białystok, Polska, 12-15 września 2017
• Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G.
  Two approaches confirm that chloroplast protease AtDeg2 is able to inhibit aggregation of denatured proteins
  IV International Conference on Research and Education
  Poznań, Polska, 6-8 kwietnia 2017
2016:
• Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G.
  The importance of a proteolytically active serine and PDZ domains for chaperone activity of chloroplast protease AtDeg2
  2nd Congress of Polish Biochemistry, Cell biology, Biotechnology and Bioinformatics BIO 2016 “Expanding beyond the limits”
  Wrocław, Polska, 13-16 września 2016
• Jackowski G., Jagodzik P., Luciński R., Misztal L.
  Two PDZ domains are required for the chaperone activity of chloroplast protease AtDeg2
  Abstracts of the 17th International Congress on Photosynthesis Research
  Maastricht, Holandia, 7-12 sierpnia 2016
• Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G.
  The involvement of the active site S268 in the protease and chaperone activity of chloroplast protein AtDeg2
  Plant Biology Europe EPSO/FESPB 2016 Congress
  Praga, Czechy, 26-30 czerwca 2016
• Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G.
  Udział indywidualnych domen chloroplastowego białka AtDeg2 w jego aktywności opiekuńczej
  57. Zjazd PTB „Botanika - tradycja i nowoczesność”
  Lublin, Polska, 26-30 czerwca 2016.
• Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G.
  The contribution of individual domains of chloroplast protease AtDeg2 to its chaperone activity
  Plant Proteases: from roles in life and death to understanding regulation and action
  Oxford, Wielka Brytania, 10-12 kwietnia 2016
2014:
• Jagodzik P., Misztal L., Jackowski G.
  Obtainment of Esherichia coli strains overexpressing eight versions of Arabidopsis thaliana chloroplast protease/chaperone AtDeg2
  7th International Conference of PhD Students of Szczecin University, Biology Panel “Biodiversity at all levels of life”
  Szczecin, Polska, 17 października 2014
• Jagodzik P., Ludwików A., Jackowski G.
  Introduction of mutated version of AtDEG2 gene into destination vector for studies on functional significance of AtDeg2 chloroplast protease/chaperone
  1st Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics BIO 2014
  Warszawa, Polska, 9-12 września 2014
• Jagodzik P., Ludwików A., Misztal L., Jackowski G.
  Uzyskanie sześciu wariantów genu kodującego chloroplastową proteazę AtDeg2 i ich wklonowanie do wektora wejściowego
  III Konferencja Naukowo-Dydaktyczna Wydziału Biologii Uniwersystetu im. Adama Mickiewicza
  Poznań, Polska, 10-12 kwietnia 2014
2011:
• Ludwików A., Kubiak P., Szabat M., Górska A., Jagodzik P., Ziółkowski P., Cieśla A., Czaczyk K., Sadowski J.
  Signal transduction by protein degradation – a new function of protein phosphatases 2C clade A in Arabidopsis
  FEBS Workshop, Plant Organellar Signaling, From Algae to Higher Plants
  Primosten, Chorwacja, 31 sierpnia – 3 września 2011
• Ludwików A., Piechalak A., Małecka A., Szabat M., Jagodzik P., Górska A., Ziółkowski P., Sadowski J.
  Protein phosphatases: signalling hubs integrating plant stress response
  II Konferencja Naukowo-Dydaktyczna Wydziału Biologii Uniwersystetu im. Adama Mickiewicza
  Poznań, Polska, 5-7 kwietnia 2011