O mnie
Nazywam się Przemysław Jagodzik i od 2023 roku pracuję na stanowisku Adiunkta - stażysty podoktorskiego (Post-doc) w Zakładzie Genetyki Molekularnej i Klinicznej w Instytucie Genetyki Człowieka Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Moje badania koncentrują się na pierwotnej dyskinezie rzęsek (PCD), specyficznej formie ciliopatii wynikającej z defektów rzęsek ruchomych. W ramach swojej pracy badawczej analizuję interaktom białka OFD1, aby ustalić, które z jego partnerów białkowych są bezpośrednio zaangażowane w rozwój PCD. W realizacji tych badań wykorzystuję przede wszystkim techniki edycji genomu CRISPR/Cas9, koimmunoprecypitację (Co-IP) oraz analizę białek metodą Western blot.
Od sierpnia 2025 roku realizuję również projekt badawczy finansowany przez Narodowe Centrum Nauki (MINIATURA 2025/09/X/NZ4/00289) jako kierownik. Projekt dotyczy zależności między dysfunkcją rzęsek ruchomych a poziomem tlenku azotu oraz funkcjonowaniem szlaku sygnałowego NO–sGC–cGMP–PKG w kontekście PCD.
Posiadam spore doświadczenie w zakresie szeroko rozumianej proteomiki, które zacząłem zdobywać już od 2009 roku, kiedy to w ramach swojej pracy magisterskiej poszukiwałem partnerów białkowych kinazy MAPKKK18 (Arabidopsis thaliana), stanowiących elementy kaskady sygnałowej z jej udziałem. W 2013 roku podjąłem studia doktoranckie na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, a przedmiotem moich badań była aktywność opiekuńcza chloroplastowego białka AtDeg2. Pracę doktorską obroniłem 16 września 2019 r w zakresie biotechnologii. Przez okres wykonywania badań – w związku z przygotowywaniem rozprawy doktorskiej – nauczyłem się pracy zarówno samodzielnej, jak i w zespole, a przede wszystkim opanowałem wiele technik biologii molekularnej (jak np. technika Western blot czy elektroforeza diagonalna białek). Byłem pionierem we wdrażaniu wielu technik inżynierii genetycznej w swoim Zakładzie takich jak: klonowanie DNA, nadekspresja i oczyszczanie białek rekombinowanych, transformacja roślin czy transfekcja protoplastów. Ponadto poznałem podstawy bioinformatyki i statystyki. Efektem mojej pracy doktorskiej jest 5 artykułów opublikowanych w czasopismach z tzw. listy filadelfijskiej oraz szereg komunikatów zaprezentowanych na krajowych i międzynarodowych konferencjach.
W ostatnich latach studiów doktoranckich podjąłem pracę na pełny etat w Uczelnianym Centrum Aparaturowym Uniwersytetu Medycznego im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu na stanowisku samodzielnego referenta naukowo-technicznego. Przez ten krótki okres (trzy miesiące) poznałem podstawy prowadzenia linii komórkowych, analiz z użyciem mikroskopu fluorescencyjnego oraz testu ELISA. Następnie podjąłem pracę w Instytucie BioInfoBank Sp. z o.o. w Poznaniu na stanowisku pracownika naukowo-technicznego, gdzie uczestniczyłem w realizacji projektu zmierzającego do uzyskania innowacyjnych farmaceutyków przeciwnowotworowych charakteryzujących się wysoką efektywnością i selektywnością, minimalizując w ten sposób efekty uboczne leczenia oraz w projekcie finansowanym z Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój zmierzającym do uzyskania wysokowydajnego i uniwersalnego systemu do wytrawiania DNA z prób biologicznych (POIR.01.01.01-00-0975/16). Podczas realizacji obu projektów poznałem wiele nowych podejść związanych z klonowaniem, nadekspresją, oczyszczaniem i analizą biochemiczną białek rekombinowanych.
Po obronie pracy doktorskiej rozpocząłem pracę na stanowisku Adiunkta - stażysty podoktorskiego (Post-doc) w Zakładzie Ekofizjologii Roślin Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Głównym obszarem moich badań była analiza roli tlenku azotu w relacji patogen-roślina na przykładzie zarazy ziemniaka powodowanej przez Phytoftora infestans (Mont.) de Bary. W ramach swoich badań zajmowałem się analizą potranslacyjnych modyfikacji białek takich jak acetylacja czy metylacja histonów oraz nitrowanie i S-nitrozylacja białek, a główne techniki jakimi się w tym celu posługiwałem to technika Western blot, co-IP i technika biotin switch.
Podsumowując, moje doświadczenie w zakresie proteomiki jest bardzo szerokie i obejmuje zarówno badania nad oddziaływaniami międzybiałkowymi, aktywnością enzymatyczną, jak i modyfikacjami potranslacyjnymi białek. W trakcie realizowanych projektów badawczych — zarówno podczas pracy nad rozprawą doktorską, jak i w działalności zawodowej — opanowałem następujące techniki:
-
Biochemia białek i proteomika
- Ko-immunoprecypitacja (Co-IP)
- Elektroforeza diagonalna 2D (D2D) SDS-PAGE
- Western blot (WB)
- ELISA
- Metoda biotin-switch do znakowania białek S-nitrozylowanych
- Ekstrakcja i oczyszczanie białek rekombinowanych
- Nadekspresja białek w E. coli
- FPLC i chromatografia kolumnowa (SEC, HIC, IEX, powinowactwa)
- Drożdżowy system dwuhybrydowy (Y2H) do analizy oddziaływań międzybiałkowych
- Testy biochemiczne Biologia molekularna i inżynieria genetyczna
- Edycja genów CRISPR/Cas9 w komórkach ssaczych
- Klonowanie DNA (Gateway jak i oparte na enzymach restrykcyjnych)
- Mutageneza ukierunkowana
- Transkrypcja in vitro
- PCR Systemy mikrobiologiczne, roślinne i eukariotyczne
- Transformacja E. coli, A. tumefaciens, S. cerevisiae, A. thaliana
- Izolacja i transfekcja protoplastów A. thaliana
- Hodowla i transfekcja komórek ssaczych
- Cytometria przepływowa
- Hodowla Phytophthora infestans Bioinformatyka i analiza danych
- Analiza danych MS/MS w oprogramowaniu Perseus
- BLAST, ClustalW, MEGA, Jmol, Polyview, Origin
Wykaz artykułów naukowych
-
2025:
- Jagodzik P., Zietkiwicz E., Bukowy-Bieryllo Z. Conservation of OFD1 Protein Motifs: Implications for Discovery of Novel Interactors and the OFD1 Function. Int. J. Mol. Sci. 2025, 26(3), 1167; https://doi.org/10.3390/ijms26031167. Impact Factor (IF) 2023: 4.9; cytowania: 0 29.01.2025 2023:
- Arasimowicz-Jelonek M., Floryszak-Wieczorek J., Suarez S., Doctorovich F., Sobieszczuk-Nowicka E., Bruce King S., Milczarek G., Rębiś T., Gajewska J., Jagodzik P., Żywicki M. Discovery of endogenous nitroxyl as a new redox player in Arabidopsis thaliana. Nat Plants. 2023 Jan;9(1):36-44. https://doi.org/10.1038/s41477-022-01301-z. Impact Factor (IF) 2023: 15.8; cytowania: 17 23.12.2022 (online) 2022:
- Drozda A., Kurpisz B., Guan Y., Arasimowicz-Jelonek M., Plich J.,Jagodzik P., Kuźnicki D., Floryszak-Wieczorek J. Insights into the expression of DNA (de)methylation genes responsive to nitric oxide signaling in potato resistance to late blight disease. Front Plant Sci. 2022 Dec 2;13:1033699 https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1033699. Impact Factor (IF) 2022: 5.6; cytowania: 4 02.12.2022
- Arasimowicz-Jelonek M., Jagodzik P., Płóciennik A., Sobieszczuk-Nowicka E., Floryszak-Wieczorek J., Mattoo A., Polcyn W. Dynamics of nitration phenomenon during dark-induced leaf senescence in Arabidopsis reveals proteins modified by tryptophan nitration J Exp Bot. 2022, erac341 https://doi.org/10.1093/jxb/erac341; Impact Factor (IF) 2022: 6.9; cytowania: 5 19 sierpnia 2022.
- Drozda A., Kurpisz B., Arasimowicz-Jelonek M., Kuźnicki D., Jagodzik P., Guan Y., Floryszak-Wieczorek J. Nitric Oxide Implication in Potato Immunity to Phytophthora infestans via Modifications of Histone H3/H4 Methylation Patterns on Defense Genes Int. J. Mol. Sci. 2022;23, 4051 https://doi.org/10.3390/ijms23074051; Impact Factor (IF) 2022: 5.6; cytowania: 5 6 kwietnia 2022.
- Jagodzik P., Jackowski G. Chloroplast protease/chaperone AtDeg2 holds γ1 subunit of ATP synthase in an unaggregated state under high irradiance conditions in Arabidopsis thaliana Photosynthetica 2022;60 (2): 56-62 https://doi.org/10.32615/ps.2022.004.; Impact Factor (IF) 2022: 2.7; cytowania: 0 15 lutego 2022 2018:
- Jagodzik P., Tajdel-Zielinska M., Ciesla A., Marczak M., Ludwikow A. Mitogen-Activated Protein Kinase Cascades in Plant Hormone Signaling Front. Plant Sci. 2018;9:1387 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.01387. Impact Factor (IF) 2018: 4.3; cytowania: 283 5 października 2018
- Adamiec A.*, Jagodzik P.*, Wyka T. P., Ludwików A., Mituła F., Misztal L., Luciński R., Jackowski G. Chloroplast protease/chaperone AtDeg2 influences cotyledons opening and reproductive development in Arabidopsis Acta Soc Bot Pol. 2018;87(2):3584. https://doi.org/10.5586/asbp.3584 *Obaj autorzy w równym stopniu przyczynili się do powstania pracy. Impact Factor (IF) 2018: 0.8; cytowania: 0 29 czerwca 2018
- Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G. The contribution of individual domains of chloroplast protein AtDeg2 to its chaperone and proteolytic activities Acta Soc Bot Pol. 2018;87(1):3570 https://doi.org/10.5586/asbp.3570. Impact Factor (IF) 2018: 0.8; cytowania: 1 23 lutego 2018 2016:
- Jagodzik P., Adamiec M., Jackowski G. AtDeg2 - a chloroplast protein with dual protease/chaperone activity Acta Soc Bot Pol 83(3):169–174. http://dx.doi.org/10.5586/asbp.2014.018. Impact Factor (IF) 2014: 1.4; cytowania: 0 9 lipca 2014
Wykaz materiałów konferencyjnych
-
2025:
- Jagodzik P., Przystałowska-Macioła H., Dąbrowska M., Bukowy-Bieryllo Z. Detection of OFD1 interactions in HEK293 cells across cell cycle stages. 6th BIO Life Science Congress of the Polish Biochemical Society BIO2025. Poznań, Polska. 17-20 września 2025
- Kubiak M., Jagodzik P., Bukowy-Bieryllo Z., Pietralik-Molińska Z., Taube M., Chandran N., Kmiecik S., Kozak M., Zietkiwicz E. Amino acid substitutions as the molecular basis for primary ciliary dyskinesia (PCD). 6th BIO Life Science Congress of the Polish Biochemical Society BIO2025. Poznań, Polska. 17-20 września 2025
- Jagodzik P., Zietkiwicz E., Bukowy-Bieryllo Z. Evolutionary Conservation of Short Linear. Motifs in OFD1: Implications for Discovery of Novel OFD1 Interactors and Function. 6th BIO Life Science Congress of the Polish Biochemical Society BIO2025. Poznań, Polska. 17-20 września 2025
- Jagodzik P., Zietkiwicz E., Bukowy-Bieryllo Z. Conservation of OFD1 protein motifs: implications for discovery of novel interactors and the OFD1 function. II International ERN-LUNG PCD Meeting in 2025. Neapol, Włochy. 6-8 kwietnia 2025. Nagroda za najlepszy plakat (Best Poster Award) 2022:
- Gajewska J., Jagodzik P., Kosmala A., Floryszak-Wieczorek J., Arasimowicz-Jelonek M. Tlenek azotu kontroluje ekspresję genów u Phytophthora infestans za pośrednictwem deacetylaz histonowych Ogólnopolska Konferencja Naukowa z okazji 10-lecia Polskiego Towarzystwa Mykologicznego Poznań, Polska. 24-28 września 2022, wystąpienie ustne
- Jagodzik P., Płóciennik A., Sobieszczuk-Nowicka E., Floryszak-Wieczorek J., Arasimowicz-Jelonek M. Identification of nitrotryptophan-containing proteins in Arabidopsis WT leaves undergoing dark-induced senescence Redox Biology Congress 2022. Free Radical Biology and Medicine 189:47 https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2022.06.197 Gandawa, Belgia. 23-26 sierpnia 2022
- Arasimowicz-Jelonek M., Sobieszczuk-Nowicka E.,Jagodzik P., Płóciennik A., Floryszak-Wieczorek J. Dynamics of nitration phenomenon during dark-induced leaf senescence of Arabidopsis WT plants Redox Biology Congress 2022. Free Radical Biology and Medicine 189:47 https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2022.06.198 Gandawa, Belgia. 23-26 sierpnia 2022
- Arasimowicz-Jelonek M., Gajewska J., Rajek M.,Jagodzik P., Floryszak-Wieczorek J. Pipecolic and azelaic acids confer systemic immunity of potato to Phytophthora infestans by transient nitric oxide generation and histone H3 acetylation EPI-CATCH Conference 2022:EPIgenetic mechanisms of Crop Adaptation To Climate cHange Kreta, Grecja. 12-14 lipca 2022 2021:
- Jagodzik P., Płóciennik A., Sobieszczuk-Nowicka E., Floryszak-Wieczorek J., Arasimowicz-Jelonek M. Protein nitrotryptophan formation as a novel NO-dependent modification during dark-induced leaf senescence in Arabidopsis Proceedings of the International Scientific Conference, dedicated to the 75th anniversary of the Institute of Plant Physiology and Genetics of the National Academy of Sciences of Ukraine Kijów, Ukraina. 17 czerwca 2021 2019:
- Jackowski G., Luciński R., Wyka T., Jagodzik P. Czy chloroplastowe białko opiekuńcze AtDeg2 uczestniczy w regulacji ultrastruktury chloroplastu i aktywności fotosyntetycznej liści Arabidopsis thaliana? 58. Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego „Botanika bez granic” Kraków, Polska, 1-7 lipca 2019 2018:
- Jagodzik P., Mituła F., Ludwików A., Jackowski G. Chloroplast protease/chaperone AtDeg2 holds γ-subunit of ATP synthase in unaggregated state under high irradiance conditions in Arabidopsis thaliana 4th Plant Protease and Programmed Cell Death Symposium Gandawa, Belgia, 11-13 września 2018
- Jagodzik P., Mituła F., Ludwików A., Jackowski G. Identyfikacja fizjologicznego substratu holdazowej aktywności opiekuńczej chloroplastowej proteazy AtDeg2 Konferencja Naukowa Sekcji Fizjologii i Biochemii Roślin PTB oraz Oddziału Lubelskiego PTB "Fotosynteza w świetle badań fizjologicznych i biochemicznych" Lublin, Polska, 2 lipca 2018, wystąpienie ustne
- Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G. Chloroplastowa proteaza AtDeg2 posiada aktywność dezagregazy VI Warsztaty Naukowe Instytutu Biologii Ekspreymentalnej Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu Poznań, Polska, 15 czerwca 2018
- Adamiec A., Jagodzik P., Wyka T. P., Ludwików A., Mituła F., Misztal L., Luciński R., Jackowski G. Chloroplastowe białko AtDeg2 uczestniczy w regulacji otwierania się liścieni oraz przebiegu fazy generatywnej u Arabidopsis. VI Warsztaty Naukowe Instytutu Biologii Ekspreymentalnej Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu Poznań, Polska, 15 czerwca 2018 2017:
- Jagodzik P., Mituła F., Luciński R., Misztal L., Ludwików A., Jackowski G. The search for native protein substrates for chaperone actvity of chloroplast protein AtDeg2 8th Conference of the Polish Society of Experimental Plant Biology "Communication in plants: from cell to environment" Białystok, Polska, 12-15 września 2017
- Adamiec M., Jagodzik P., Mituła F., Luciński R., Misztal L., Ludwików A., Jackowski G. The involvement of chloroplast protein AtDeg2 in chronological progression of ontogenesis stages in Arabidopsis thaliana 8th Conference of the Polish Society of Experimental Plant Biology "Communication in plants: from cell to environment" Białystok, Polska, 12-15 września 2017
- Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G. Two approaches confirm that chloroplast protease AtDeg2 is able to inhibit aggregation of denatured proteins IV International Conference on Research and Education Poznań, Polska, 6-8 kwietnia 2017 2016:
- Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G. The importance of a proteolytically active serine and PDZ domains for chaperone activity of chloroplast protease AtDeg2 2nd Congress of Polish Biochemistry, Cell biology, Biotechnology and Bioinformatics BIO 2016 “Expanding beyond the limits” Wrocław, Polska, 13-16 września 2016
- Jackowski G., Jagodzik P., Luciński R., Misztal L. Two PDZ domains are required for the chaperone activity of chloroplast protease AtDeg2 Abstracts of the 17th International Congress on Photosynthesis Research Maastricht, Holandia, 7-12 sierpnia 2016
- Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G. The involvement of the active site S268 in the protease and chaperone activity of chloroplast protein AtDeg2 Plant Biology Europe EPSO/FESPB 2016 Congress Praga, Czechy, 26-30 czerwca 2016
- Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G. Udział indywidualnych domen chloroplastowego białka AtDeg2 w jego aktywności opiekuńczej 57. Zjazd PTB „Botanika - tradycja i nowoczesność” Lublin, Polska, 26-30 czerwca 2016.
- Jagodzik P., Luciński R., Misztal L., Jackowski G. The contribution of individual domains of chloroplast protease AtDeg2 to its chaperone activity Plant Proteases: from roles in life and death to understanding regulation and action Oxford, Wielka Brytania, 10-12 kwietnia 2016 2014:
- Jagodzik P., Misztal L., Jackowski G. Obtainment of Esherichia coli strains overexpressing eight versions of Arabidopsis thaliana chloroplast protease/chaperone AtDeg2 7th International Conference of PhD Students of Szczecin University, Biology Panel “Biodiversity at all levels of life” Szczecin, Polska, 17 października 2014
- Jagodzik P., Ludwików A., Jackowski G. Introduction of mutated version of AtDEG2 gene into destination vector for studies on functional significance of AtDeg2 chloroplast protease/chaperone 1st Congress of the Polish Biochemistry, Cell Biology, Biophysics and Bioinformatics BIO 2014 Warszawa, Polska, 9-12 września 2014
- Jagodzik P., Ludwików A., Misztal L., Jackowski G. Uzyskanie sześciu wariantów genu kodującego chloroplastową proteazę AtDeg2 i ich wklonowanie do wektora wejściowego III Konferencja Naukowo-Dydaktyczna Wydziału Biologii Uniwersystetu im. Adama Mickiewicza Poznań, Polska, 10-12 kwietnia 2014 2011:
- Ludwików A., Kubiak P., Szabat M., Górska A., Jagodzik P., Ziółkowski P., Cieśla A., Czaczyk K., Sadowski J. Signal transduction by protein degradation – a new function of protein phosphatases 2C clade A in Arabidopsis FEBS Workshop, Plant Organellar Signaling, From Algae to Higher Plants Primosten, Chorwacja, 31 sierpnia – 3 września 2011
- Ludwików A., Piechalak A., Małecka A., Szabat M., Jagodzik P., Górska A., Ziółkowski P., Sadowski J. Protein phosphatases: signalling hubs integrating plant stress response II Konferencja Naukowo-Dydaktyczna Wydziału Biologii Uniwersystetu im. Adama Mickiewicza Poznań, Polska, 5-7 kwietnia 2011